Истоки относятся к 1917 году. Именно тогда местные краеведы, не дожидаясь «сверху», начали самостоятельно собирать документальные источники, тем самым спасая их от гибели. Об этом сказано в отчете о деятельности Ростовского музея древностей за
В первые годы советской власти, вопреки декрету СНК «О реорганизации и централизации архивного дела в РСФСР» от 1 июня 1918 года и положению «О центральном архиве» от 30 января 1922 года, архивная служба в Ростовском уезде так и не была образована. Всю работу по сбору документальных памятников взял на себя местный музей церковных древностей. В 1918 году при музее был открыт, который пополнялся поступавшими со всей округи документами. Свою деятельность в этом направлении сотрудники музея согласовывали с уполномоченным Главархива в городе Ярославле. Так, заместитель заведующего Ростовским подотделом охраны памятников искусства и старины С. Моравский 29 августа уведомил уполномоченного Главархива Н. Г. Первухина о начале перевозки архивов бывшего полицейского управления и уездного земского суда, для которых требовалось 20 подвод. Кроме того, сообщалось, что «очень желательна перевозка архива гр. Шереметьевых из с. Вощажникова в 30 верстах от Ростова и Леонтьевых из с. Воронино в 25 верстах от Ростова», на что нужны еще 10 подвод.
Учитывая колоссальные объемы работы и документов, уже поступивших и еще подлежащих к перевозке в музей, там в 1922 году был образован архивный отдел, вначале размещавшийся в доме № 4 Ростовского кремля, в смежном с рукописным отделом и архивариуса музея в декабре того же года был назначен Борис Константинович Спасский.
В марте 1924 года в Ростове было образовано архивное бюро, а на должность архивариуса был назначен Леонид Николаевич Холин.
15 марта Главархив через губисполком передал указание «Об организации при уездном исполкоме института заведования уездным центральным архивом». Таким образом в Ростове была заложена «основа организации центрального архива уездного исполкома... с 15 апреля 1924 года», а 19 апреля по распоряжению председателя исполкома на должность заведующего архивом назначен Л. Н. Холин. После вступления в должность он сразу же обследовал архивы бывших правительственных учреждений дореволюционной России, церквей и монастырей города и уезда с целью проверки их сохранности.
29 марта 1941 СНК СССР своим постановлением утвердил Положение о государственном архивном фонде СССР, согласно которому Ростовский районный архив становился филиалом Госархива Ярославской области в непосредственном подчинении архивного отдела УНКВД. Однако Великая Отечественная война помешала выполнить это постановление, о чем в мае 1943 года заместитель наркома НКВД СССР С. Н. Круглов уведомил начальника УНКВД по Ярославской области Губина, потребовав «организовать в 1943 году в гг. Угличе, Галиче, и Ростове филиалы Государственного архива Ярославской области».
В 1944 году приказом УНКВД была установлена зона ответственности Ростовского филиала за «концентрацию (собирание) документальных материалов». В неё вошли организации Ростовского, Переславского, Петровского, Борисоглебского районов.
К 1953 году в архиве был оборудован небольшой читальный зал для исследователей.
Планомерно работу ростовских архивистов нарушил смерч, в результате которого пострадал и Рождественский храм, где хранились архивные документы. Через прорехи в крыше в помещение проникала влага. Требовался срочный ремонт, на который не было средств.
Дело сдвинулось с приходом нового начальника архива Владимира Тимофеевича Чувашева, начавшего свою деятельность с ремонта кровли. Ему удалось получить необходимые средства — правда, только после поездки в Главархив СССР. Руководил реставрационными и ремонтными работами в Ростовском кремле В. С. Баниге. Для увеличения полезной площади архивохранилищ В. Т. Чувашев запланировал установку двухэтажных стеллажей.
Одновременно с филиалом ГАЯО в городе действовал Ростовский районный госархив, образованный решением Ярославского облисполкома в 1965 году. В его штате была лишь заведующая И. А. Вьюгина. в конце 1993 года в связи с образованием объединенной администрации города и района райгосархив был ликвидирован, а его документы были переданы Ростовскому филиалу ГАЯО.
В 1989 году Ростовский архив был перемещен из Рождественского храма на второй и третий этажи бывшей Мариинской женской гимназии, где он находится и по сей день.
В архиве собраны интереснейшие источники дореволюционного и советского времени, всегда привлекавшие внимание исследователей. В числе документы Переславского и Ростовского архиерейских домов и духовных правлений, Переславской духовной консистории, ряда ростовских и переславских мужских и женских монастырей, соборов, духовных училища и семинарии. Фонды церквей города Ростова и его уезда были объединены в
Фонды административных учреждений дореволюционного (городских дум, магистратов, управ) и советского времени (уездных и районных исполкомов) отражают различные стороны социально-экономического развития территории, быт, культуру народа. Особый интерес представляют фонды уездного предводителя дворянства и дворянской опеки, содержащие сведения о дворянстве переславской и ростовской округи.
(статья К. А. Степанова «Ростовский архив». Отечественные архивы.2003. № 6)